Сергей Юрьевич в период с 1994 по 2000 гг. занимался научной работой на базе отделения аритмий сердца при Институте кардиологии им. Н.Д. Стражеско. В 1996 г. состоялась защита кандидатской диссертации доктора Зотова, в которой раскрывались проблемы нарушений ритма сердца при синдромах преэкситации. С 2005 г. доктор Зотов консультирует в кардиологической клинике "Сердце и сосуды".